Mentionnée pour la première fois au XII^e siècle dans les registres paroissiaux sous le nom de Curlogen, la seigneurie de Collégien appartenait à l'abbaye de Faremoutiers. À l’exception de l’Église Saint-Remi et Saint-Hilaire qui a été rebâtie plusieurs fois au XVI^e siècle, sous le Second Empire et en 1903 pour la nef, le village est essentiellement composé de petites exploitations agricoles.

La ferme de Lamirault, existant depuis le XII^e siècle, située au sud de la commune, aujourd’hui inscrite à l’inventaire supplémentaire des monuments historiques, est formée d’un quadrilatère de bâtiments entouré de fossés, avec un porche-pigeonnier et une tour d'angle. Maison seigneuriale au XVII^e siècle, Joseph Fouché, homme politique français né en 1759, en fait l'acquisition et transforme le château en ferme. L’édifice sera plus tard acquis par James de Rothschild. Cette ferme fortifiée s'étend à la fois sur les communes de Collégien et de Croissy-Beaubourg.

Jusqu’au début des années 1960, le village de Collégien est organisé le long de la route reliant Lagny à Melun et des chemins ruraux joignant Croissy aux villages du plateau de Guermantes. À proximité de ce centre ancien existaient trois fermes situées le long de la route principale. L’urbanisation s’est développée le long de cet axe et a fini par inclure les fermes existantes.
En 1965, la commune de Collégien s’est trouvée intégrée dans le périmètre géographique de la Ville Nouvelle de Marne-la-Vallée, au sein du secteur III, et a été amenée, de ce fait, à participer au développement urbain mis en œuvre par l’État et l’Établissement Public d’Aménagement de Marne-la-Vallée.

Par délibération du 25 septembre 1985, Collégien décide de sortir de l’agglomération nouvelle de Marne-la-Vallée et redevient alors une commune de droit commun. À partir de cette date, le développement de la commune s’est réalisé sur des objectifs strictement communaux. La croissance urbaine de Collégien, lente avant la création de la ville nouvelle (264 habitants en 1968) s’accélère dans les années 1970, passant au-dessus des 3 000 habitants à partir des années 2000.
En 2002, Collégien intègre la Communauté de Communes de Marne et Gondoire devenue communauté d’agglomération en 2004.

 
Chronologie Collégeoise

• 1965 L’État intègre Collégien dans le périmètre de la ville nouvelle de Marne-la-Vallée

• 1975 Inauguration de la première école de musique de Collégien

• 1982 Inauguration de la zone d’activités des Portes de la Forêt

• 1984 Construction du groupe scolaire des Saules

• 1985 Décision du conseil municipal de sortir du statut de ville nouvelle de Marne-la-Vallée pour redevenir une commune de droit commun

• 1986 Acquisition par la commune de la ferme du centre-bourg

• 1988 - 1990 : première phase de réhabilitation de la ferme du centre-bourg (bureaux, commerces, centre de loisirs)

• 1993 Inauguration du gymnase

• 1994 -1997 Construction des logements patios, prix du Conseil d’architecture, d’urbanisme et d’environnement de Seine-et-Marne en 1998

• 1996
  Inauguration de la nouvelle mairie dans la ferme du centre-bourg
  Inauguration du centre culturel de La Courée (bâti sur le site d’une ancienne petite usine de matériel technique)
  Ouverture de la Maison des petits pieds et du Relais parents assistantes maternelles

• 1998
  Construction du quartier de la Poste
  Création du service à l’enfance en lien avec le projet de la Place de l’Enfant

• 1999 Inauguration de la Place Mireille Morvan (maire-adjointe de 1989 à 1999)

• 2000 Construction du quartier du Pré Saint-Rémy (rue de la Planchette)

• 2002 Création et intégration de la Communauté de Communes de Marne et Gondoire

• 2004 Création du circuit de liaisons douces, grand prix de l’environnement régional en 2005

• 2003 Inauguration du centre commercial régional Bay 2

• 2009
  Inauguration du Jardin d’enfants
  Inauguration de la Maison communale Lucien Zmuda (maire de Collégien de 1983 à 1995)

• 2011
  L’école de musique et la médiathèque de Collégien sont intégrées respectivement au conservatoire intercommunal et au réseau de lecture publique de Marne et Gondoire
  Création du Parc de la Brosse puis du parcours santé en 2012
  Inauguration des premiers logements du nouveau quartier de la Brosse

• 2012 Validation par le conseil d’État du Périmètre de Protection des Espaces Agricoles et Naturels Périurbains (PPEANP) qui couvre à la fois le nord-est de la commune et le sud à hauteur de la ZAC de Lamirault.

• 2013
  Création de la zone d’activités de Lamirault
  Inauguration des nouveaux vestiaires de foot
  Inauguration du Parc municipal des loisirs et des sports

• 2014
  Création des jardins communaux du quartier de la Brosse
  Extension de l’école des Saules (Réfectoire)
  Création du collectif de jeunes citoyens Bouge tes ID !

• 2015 Publication du livre édité par la mairie de Collégien Car ils laissent passer la lumière, vingt ans de la vie artistique de Collégien dans l’œil du photographe Richard Carnevali

• 2016
  Création du collectif festif & citoyen
  Inauguration de l’auditorium de la Courée
  La rue de Melun devient l’avenue Michel Chartier (conseiller municipal de 1989 à 1995, maire de Collégien de 1995 à 2014 et président de la Communauté d’Agglomération de Marne et Gondoire de 2002 à 2015)

• 2017 Inauguration des jardins de la mairie

• 2019
  Installation d’un éco-pâturage de huit moutons et de cinq ruches dans le parc de la Brosse
  Inauguration de la crèche du Jardin des petits

• 2020
  Création de la chaîne de solidarité
  Début de l’installation de la fibre optique
  Création du service séniors

• 2021
  L’éclairage public passe totalement au LED avec le contrat de performance énergétique
  Inauguration de la Maison des services
  Inauguration de la Fabrique citoyenne

• 2022
  Inauguration de la résidence Albert George, maire de Collégien de 1945 à 1971 (Réhabilitation de l’ancienne mairie avec un ensemble de logements)
  Pose de la première pierre des logements des Jardins de la ferme